Les trains des CFF, qui fonctionnent à l'énergie électrique, ne rejettent quasiment pas de substances nocives dans l'atmosphère. Seuls les gaz émanant des installations de chauffage des bâtiments et des locomotives diesel, ainsi que les poussières fines résultant de l'abrasion des roues, des freins et des rails ont une incidence sur la qualité de l'air.

Grâce au processus d'électrification, les trains voyageurs et de marchandises des CFF ne provoquent quasiment aucune pollution atmosphérique. Seule la poussière fine, capable de pénétrer en profondeur dans les voix respiratoires et les poumons, attire depuis quelques années l'attention du monde médical.

Une fine poussière d'acier.

Des études scientifiques montrent que les CFF produisent chaque année environ 1000 tonnes de poussière fine, soit près de trois pour cent de la production suisse. La poussière fine émise et soulevée par les trains se compose essentiellement de particules d'acier dues à l'abrasion des freins, des roues et des rails.

Même si la poussière fine émise par le transport ferroviaire ne doit pas être sous-estimée, sa composition et les quantités libérées la rendent moins nocive que les poussières fines cancérigènes produites par la combustion du diesel.

Des mesures ont montré que le trafic ferroviaire n'émettait que 1,5 à 2 microgrammes de poussière fine par mètre cube, même à proximité immédiate de lignes très fréquentées, la valeur limite d'émission étant de 20 microgrammes. Si le seuil d'alerte était atteint, une interruption de certaines lignes produirait donc un effet négligeable. En revanche, la circulation routière augmenterait, provoquant une concentration de poussière fine extrêmement élevée.

Filtres à particules.

Afin de réduire la quantité de particules de suie émises par les locomotives diesel du service de la manœuvre et de l’entretien des lignes, les CFF n’acquièrent plus que des locomotives diesel équipées de filtres à particules depuis l’année 2004. Près de 80% de la puissance moteur (soit 75% des véhicules) tourne désormais avec un filtre à particules (2011). Les véhicules appelés à circuler encore longtemps seront équipés progressivement. Les CFF jouent ainsi un rôle de leader en Europe.